L’École des Beaux-Arts de Marseille est un Établissement Public de Coopération Culturelle (EPCC) de forme administrative, administré par un Conseil d’administration et son Président, et dirigé par le Directeur général.
Les étudiant·e·s sont représenté·e·s par les représentant·e·s élu·e·s étudiant·e·s.